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Bereits nach zwei vollendeten Saisons wurde der HC Thurgau zum 1. Liga-Meister gekürt und stieg in die Nationalliga B auf. In den darauffolgenden Jahren spielte der Verein zumeist im vorderen Drittel der Liga mit.
Nach dem bitteren Abstieg in die Amateurliga während der Saison 2004/2005, kehrte der HCT aber nur ein Jahr später wieder in die zweithöchste Klasse zurück, wo er sich seither mit Bravour hält. Im Jahr 2014 konnte sich der HC Thurgau nach fünf langen Jahren wieder für die Playoffs qualifizieren, schied in den Viertel-Finals jedoch gegen die SCL Tigers aus. Ende Juni des gleichen Jahres, folgte dann die Umbenennung in Hockey Thurgau. Damit bekräftigte der Club die Werte des Kantons und repräsentierte die Thurgauer «Nationalmannschaft».
Fast auf den Tag genau drei Jahre nach dem Namenswechsel, kehrte der Club am 24. Juni 2017 ganz nach dem Motto «back to the roots» zu seinem ursprünglichen Namen, HC Thurgau, zurück.
Nach 21 Jahren schaffte der HC Thurgau in der Saison 2018/19 erstmals wieder den Einzug in die Playoff-Halbfinals. Während einer nervenaufreibenden Viertelfinalserie gelang dem HCT als Qualifikations-Siebter gegen den haushohen Favoriten und Qualifikations-Zweiten, HC Ajoie, die Sensation. Im alles entscheidenden 7. Spiel, auswärts beim HC Ajoie, wurden die Jurassier mit 2:1 geschlagen. In den darauffolgenden Playoff-Halbfinals war gegen den HC La Chaux-de-Fonds dann aber Endstation.